传统实时定量RT PCR只能检测到miRNA前体，而Stem-loop实时定量RT PCR技术可以解决这一问题。Stem loop实时定量RT PCR是一项高特异度、敏感度的检测miRNA表达的实验技术，包括设计具有茎环（stem loop）结构的反转录引物和用miRNA荧光标记的特异分子探针进行实时PCR 二个关键步骤。该技术具有以下优点:高度特异性，对序列高度同源的miRNA也可精确区分；超宽的定量线性范围和高度的检测灵敏度；样品消耗少，仅需1～10 ng的总RNA；适用范围广，总RNA 、细胞裂解物以及纯化的RNA都可用于miRNA的定量检测。

microRNA的RT-PCR一般使用茎环结构的引物，这种具有茎环结构的引物针对所需检测的目的microRNA设计，具有特异的序列。内参使用的是小RNA U6，U6的反转录使用的是随机引物。将反转录的产物作为real-time PCR的模板，检测目的microRNA的引物是针对目的microRNA的特异的上下游引物，检测内参使用的是针对U6的特异的上下游引物。

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